El 26 de Abril de 2003 se celebra el centenario del club, un evento centrado en homenajear a la entidad y en especial a los aficionados atléticos, los cuales participaron entusiasmados y orgullosos en todas las actividades programadas, como portar la bandera mas larga del mundo en ese momento desde Neptuno hasta el Calderón.

Tras descender a Segunda División al final de la temporada 1999/00, el equipo logró retornar a Primera División en el 2002, dirigido por Luis Aragonés. En el equipo destacaba un joven jugador de la cantera llamado Fernando Torres.

El 25 de mayo de 1996, el equipo dirigido por Radomir Antic consiguió el noveno título de Liga del club.

La temporada 1995/96 fue una de las más importantes del club, ya que por primera vez en nuestra historia conseguimos “el doblete” al conquistar la Liga y la Copa del Rey en la misma temporada.

En el año 1987, tras el fallecimiento de Vicente Calderón, llega a la presidencia del club Jesús Gil y Gil con Paolo Futre como buque insignia de su proyecto deportivo.