Las vitrinas rojiblancas recibieron el 27 de agosto de 2010 su primera Supercopa de Europa tras vencer al Inter de Milán, campeón de la Champions League. El partido, que se disputó en el Estadio Louis II de Mónaco, finalizó con marcador favorable para los colchoneros (2-0).

A finales del año 2008 se produce un gran acontecimiento. El club llega a un acuerdo con el Ayuntamiento de Madrid para la construcción de su nuevo estadio. Un pilar que fortalecerá a la entidad.

El 26 de Abril de 2003 se celebra el centenario del club, un evento centrado en homenajear a la entidad y en especial a los aficionados atléticos, los cuales participaron entusiasmados y orgullosos en todas las actividades programadas, como portar la bandera mas larga del mundo en ese momento desde Neptuno hasta el Calderón.

Tras descender a Segunda División al final de la temporada 1999/00, el equipo logró retornar a Primera División en el 2002, dirigido por Luis Aragonés. En el equipo destacaba un joven jugador de la cantera llamado Fernando Torres.

El 25 de mayo de 1996, el equipo dirigido por Radomir Antic consiguió el noveno título de Liga del club.