Tras descender a Segunda División al final de la temporada 1999/00, el equipo logró retornar a Primera División en el 2002, dirigido por Luis Aragonés. En el equipo destacaba un joven jugador de la cantera llamado Fernando Torres.

El 25 de mayo de 1996, el equipo dirigido por Radomir Antic consiguió el noveno título de Liga del club

La temporada 1995/96 fue una de las más importantes del club, ya que por primera vez en nuestra historia conseguimos “el doblete” al conquistar la Liga y la Copa del Rey en la misma temporada.

El 27 de junio de 1992, dirigidos por Luis Aragonés, logramos adjudicarnos nuestra octava Copa del Rey tras derrotar al Real Madrid por 2-0 en el Estadio Santiago Bernabéu.

El Bayern se negó a jugar la Copa Intercontinental contra el Club Atlético Independiente de Avellaneda. Por este motivo, en concepto de subcampeón de la Copa de Europa de 1974, la disputamos a doble partido en el año 1975. El primer encuentro con Luis Aragonés como entrenador tuvo un resultado de 1-0 a favor de Independiente. En el segundo partido, el Atlético ganó 2-0 para proclamarnos campeones.